| km数 | 駅名 | 読み | 普 通 | 英字表記 | 開業日 | 乗り換え・備考 |
| 0.0 | 諫早 | いさはや | ◯ | Isahaya | 1911/08/21 | JR長崎本線・大村線・西九州新幹線 |
| 1.5 | 本諫早 | ほんいさはや | ◯ | Hon-Isahaya | 1911/06/20 | |
| 2.9 | 幸 | さいわい | ◯ | Saiwai | 2000/03/11 | |
| 4.8 | 小野 | おの | ◯ | Ono | 1911/06/20 | |
| 5.5 | 干拓の里 | かんたくのさと | ◯ | Kantakunosato | 1995/04/20 | |
| 7.5 | 森山 | もりやま | ◯ | Moriyama | 1911/06/20 | |
| 9.6 | 釜ノ鼻 | かまのはな | ◯ | Kamanohana | 1935/09/01 | |
| 11.4 | 諫早東高校 | いさはやひがしこうこう | ◯ | Isahaya Higashikōkō | 1984/11/12 | |
| 12.4 | 愛野 | あいの | ◯ | Aino | 1911/06/20 | |
| 14.4 | 阿母崎 | あぼざき | ◯ | Abozaki | 1955/03/09 | |
| 16.6 | 吾妻 | あづま | ◯ | Azuma | 1912/10/10 | |
| 19.6 | 古部 | こべ | ◯ | Kobe | 1912/10/10 | |
| 20.8 | 大正 | たいしょう | ◯ | Taishō | 1955/03/09 | |
| 23.0 | 西郷 | さいごう | ◯ | Saigō | 1912/10/10 | |
| 25.5 | 神代 | こうじろ | ◯ | Kōjiro | 1912/10/10 | |
| 29.4 | 多比良 | たいら | ◯ | Taira | 1913/05/10 | |
| 31.8 | 有明湯江 | ありあけゆえ | ◯ | Ariake-Yue | 1919/05/06 | |
| 34.1 | 大三東 | おおみさき | ◯ | Ōmisaki | 1919/05/06 | |
| 35.2 | 松尾 | まつお | ◯ | Matsuo | 1931/10/01 | |
| 37.5 | 三会 | みえ | ◯ | Mie | 1913/09/24 | |
| 40.5 | 島原 | しまばら | ◯ | Shimabara | 1913/09/24 | |
| 41.5 | 霊丘公園体育館 | れいきゅうこうえんたいいくかん | ◯ | Reikyūkōen Taiikukan | 1984/11/12 | |
| 42.3 | 島原船津 | しまばらふなつ | ◯ | Shimabara-Funatsu | 1913/09/24 | |
| 43.2 | 島原港 | しまばらこう | ◯ | Shimabarakō | 1960/11/11 |
| km数 | 駅名 | 読み | 英字表記 | 開業日 | 廃止日 | 乗り換え・備考 |
| 43.2(0.0) | 島原外港 | しまばらがいこう | Shimabaragaikō | 1960/11/11 | 島原鉄道線 【現駅名：島原港】 | |
| 44.3(1.1) | 秩父が浦 | ちちぶがうら | Chichibugaura | 1964/04/08 | 2008/04/01 | |
| 45.4(2.2) | 安徳 | あんとく | Antoku | 1922/04/22 | 2008/04/01 | |
| 47.5(4.3) | 瀬野深江 | せのふかえ | Seno-Fukae | 1932/11/15 | 2008/04/01 | |
| 49.6(6.4) | 深江 | ふかえ | Fukae | 1922/04/22 | 2008/04/01 | |
| 52.0(8.8) | 布津新田 | ふつしんでん | Futsushinden | 1929/05/17 | 2008/04/01 | |
| 53.9(10.7) | 布津 | ふつ | Futsu | 1922/04/22 | 2008/04/01 | |
| 56.9(13.7) | 堂崎 | どうざき | Dōzaki | 1922/04/22 | 2008/04/01 | |
| 58.4(15.2) | 蒲河 | かまが | Kamaga | 1932/11/15 | 2008/04/01 | |
| 59.9(16.7) | 有家 | ありえ | Arie | 1926/07/02 | 2008/04/01 | |
| 61.2(18.0) | 西有家 | にしありえ | Nishi-Arie | 1926/07/02 | 2008/04/01 | |
| 63.4(20.2) | 龍石 | たついし | Tatsuishi | 1926/07/02 | 2008/04/01 | |
| 65.3(22.1) | 北有馬 | きたありま | Kitaarima | 1926/07/02 | 2008/04/01 | |
| 66.1(22.9) | 常光寺前 | じょうこうじまえ | Jōkōji-mae | 1926/07/02 | 2008/04/01 | |
| 67.1(23.9) | 浦田観音 | うらだかんのん | Urada-Kannon | 1932/11/15 | 2008/04/01 | |
| 68.2(25.0) | 原城 | はらじょう | Harajō | 1926/07/02 | 2008/04/01 | |
| 70.6(27.4) | 有馬吉川 | ありまよしかわ | Arima-Yoshikawa | 1928/02/25 | 2008/04/01 | |
| 74.6(31.4) | 東大屋 | ひがしおおや | Higashi-Ōya | 1928/02/25 | 2008/04/01 | |
| 75.8(32.6) | 口之津 | くちのつ | Kuchinotsu | 1928/02/25 | 2008/04/01 | |
| 76.8(33.6) | 白浜海水浴場前 | しらはまかいすいよくじょうまえ | Shirahamakaisuiyokujō-mae | 1932/11/15 | 2008/04/01 | |
| 78.5(35.3) | 加津佐 | かづさ | Kazusa | 1928/02/25 | 2008/04/01 |